Vor der weiteren Zubereitung müssen Schwarzwurzeln geschält werden. Da sie bei Verletzung ihrer Haut einen klebrigen Milchsaft absondern, der Haut und Kleidung verfärben kann, sollte man dabei einige Vorsichtsmaßnahmen ergreifen. Entweder man schält die Wurzeln unter fließendem Wasser oder aber man verwendet Einmalhandschuhe. Hat der Milchsaft doch irgendwo seine Spuren hinterlassen, so kann man diese mit Zitronensaft entfernen. Damit die geschälten Stangen nicht an der Luft bräunen und unansehnlich werden, legt man sie in eine Schüssel mit Wasser und einem Schuss Essig.
Wenn man den Austritt des Milchsaftes vermeiden will, kann man die Wurzeln auch ungeschält kochen und nach dem Garen pellen, dafür braucht man allerdings ein wenig Geduld.
Eine weit verbreitete Zubereitungsweise ist das Dünsten in Salzwasser. Die Wurzeln werden dann ähnlich wie Stangenspargel mit zerlassener Butter serviert und können so ganz ihren dezent-nussigen Geschmack entfalten.
Schwarzwurzeln lassen sich auch gut mit Kapern aufpeppen, man kann sie mit Käse oder in Bechamelsoße überbacken. Sehr lecker ist es, die Wurzeln im Frühjahr mit den ersten frischen Kräutern anzurichten.
Auch ein Rohkostsalat kann aus geraspelten Schwarzwurzeln mit etwas Sahne, zerkleinerten Äpfeln und gehackten Nüssen zubereitet werden – dieser schmeckt eher sanft und etwas süß.