Die wilden Vorfahren unserer Schwarzwurzeln stammen aus Süd- und Südosteuropa. Eine erste Beschreibung taucht um 1550 in einem Kräuterbuch aus Siena auf, dort wird die Wurzel als „lieblich“ und „süß“ beschrieben. Der lateinische Name „scorzonera“ bedeutet „schwarze Giftschlange“ - und so ist es nicht verwunderlich, dass in der Volksmedizin die Schwarzwurzel als Heilmittel bei Schlangenbiss verwendet wurde.
Der Anbau von Schwarzwurzeln ist historisch noch nicht sehr lange belegt. Der Verzehr als Gemüse wird erstmals für die 1660er Jahre in Frankreich und in der Schweiz beschrieben und etwa 100 Jahre später war sie auch in ganz Deutschland bekannt. Zu einem massenhaften Anbau ist es jedoch nie gekommen, andere Gemüsearten wie die ähnlich milde und sättigende Kartoffel sind leichter anzubauen und zu verarbeiten. So ist die Schwarzwurzel ein Liebhabergemüse geblieben, das erwerbsmäßig vor allem in Frankreich, Holland und den Niederlanden angebaut wird.